이즈하라 중심부에 2021년 10월에 <대마시 박물관분관>으로 개관했으며, 설립목적과 전시주제는 '誠信의 교류 - 조선통신사를 통해 배우는 정직과 신의 기반의 외교 정신'을 주제로 삼고 있으며, 4개의 전시실로 구성 되어 있다. ① 조선통신사 역사 개요, ② 대마도와 조선과의 관계 및 주요 외교 인물 소개, ③ 실물·모형 자료 전시(통신사 배, 와칸 居留地 모델 등), ④ 세계기억유산으로 등재된 111건, 333점의 기록을 디지털 아카이브 형태로 제공하고 있다. 주요 전시 내용은 모형 전시: 통신사 선박 모형과 당시 와칸(倭館) 재현 모델로, 현장감 있는 이해를 가능케 한다. 이외에도 멀티미디어: 가이던스 영상, 통신사의 여정을 소개하는 영상을 상영하고 있으며, 체험 코너: 방문자가 통신사 복장을 착용하고 사진을 찍는 '나리키리' 체험 공간이 마련되어 있고, 교류 자료: 유네스코 '세계기억유산'으로 지정된 조선통신사 관련 문서를 소개하고 있다. 

  이 박물관은 조선-일본 간 오랜 외교 여정과 문화 교류의 중심축으로서 대마도의 위상을 부각하고 있다. 박물관 개관과 더불어 조선통신사 기록 일부가 유네스코 세계기록유산으로 등재되며 지역 정체성과 세계적 역사 유산의 가치를 부각시키는 중요한 계기가 되었다. 또한, 아메노모리 호슈(雨森芳洲)의 정직·신의 외교 정신을 널리 알리고 있다.

  한편 2020년 3월 31일자로 나가사키현립 쓰시마역사민속자료관이 폐관하면서, 그가 보유하던 '종가문고(宗家文庫) 사료'를 비롯한 고문서 일체는 신설관인 '나가사키현 쓰시마역사연구센터"(長崎県対馬歴史研究センター)가 설치되어 이 종가문서를 보관·보존·수리·조사·연구하고 있다.

  현재 종가문서는 총 72,000여점에 이르고 있으며, 에도시대와 메이지 초기까지의 쓰시마번 법정기록과 군봉행 등의 일기 등 많은 고문서를 소장하고 있다. 또한 조선통신사 행렬의 두루마기 그림과 왜관의 도면류·고서·민속자료 등을 전시하고 있다. 소장 문서 가운데는 특히 조선시대 일본(쓰시마)과 조선의 외교, 무역 등 통교 전반에 관한 엄청난 분량의 사료가 소장되어 있다. 종가기록은 쓰시마역사자료관을 비롯하여 한국 국사편찬위원회, 일본 국회 도서관, 동경대학 사료편찬소, 게이오(慶應義塾) 대학 도서관 등 5곳에 분산 되어 있다. 우리나라 국사편찬위원회에도 양질의 사료가 약 28,000점이나 소장되어 있다. 이것은 일제강점기인 1926년과 1938년 두 차례에 걸쳐 조선 총독부 산하 조선사편수회에서 조선사편찬을 위해 가져 왔던 것인데, 해방이 되면서 그냥 두고 가버린 것이다.

  아이러니하게도 식민지 지배를 위한 역사를 편찬하기 위해 쓰시마에서 임시로 가져왔단 자료인데, 해방이 되자 몸만 빠져 나가느라 미쳐 챙기지 못한 것이다. 수 만점의 우리 문화재와 유물, 서적 등이 강제로 반출된 것과는 전혀 성격이 다른 유물인 셈이다.